주식 양도세 예정신고 대상 39% 급증… 대주주 지분 합산·비상장 저가 양도 ‘현미경 검증’ 뜬다
| 국세청, 올 상반기 주식 양도소득세 예정신고 대상 2만 1,822명 확정 및 사전 안내 실시
| 대주주 특수관계인 지분 합산 누락 및 비상장주식 저가 양도 등 고강도 사후 검증 예고
1. 2026년 상반기 주식 양도소득세 예정신고 현황 및 과세 대상
국세청은 2026년 8월 5일, 납세자의 성실신고를 지원하기 위한 방안으로 올 상반기 주식 양도소득세 예정신고 대상자 총 2만 1,822명에게 신고 대상 여부와 방법 등에 관한 사전 안내 서비스를 제공하였다. 이는 2026년 2월 예정신고 안내 대상이었던 1만 5,651명 대비 6,171명(39.4%)이나 급증한 수치다. 국세청은 8월 5일부터 모바일 안내문을 순차적으로 발송 완료하였으며, 모바일 수신 거부자와 60세 이상 고령 납세자에게는 8월 11일에 우편 안내문을 발송하였다.
과세 대상은 2026년 상반기(1월~6월) 중에 상장주식을 양도한 대주주, 증권시장을 통하지 않고 상장주식을 장외거래한 소액주주, 그리고 비상장주식을 양도한 주주(중소·중견기업 주식을 K-OTC 시장에서 거래한 소액주주는 제외)가 대상이다. 단, 한국금융투자협회가 운영하는 초기 중소·벤처기업 전용 비상장주식 거래시장인 K-OTC(Korea Over-The-Counter) 시장에서 중소·중견기업 주식을 거래한 소액주주는 과세 대상에서 제외된다.
[표 1: 주권상장법인의 양도소득세 과세 대상 대주주 요건]
| 구분 | 코스피 | 코스닥 | 코넥스 |
| 지분율 기준 | 1% 이상 | 2% 이상 | 4% 이상 |
| 시가총액 기준 | 50억 원 이상(공통) | 50억 원 이상(공통) | 50억 원 이상(공통) |
2. 대주주 판정 기준 및 특수관계인 합산의 법적 요건
주권상장법인의 대주주 요건은 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 지분율 또는 시가총액이 상기 표의 기준을 충족하거나, 직전 사업연도 종료일 이후 주식 취득으로 지분율 요건을 충족한 경우에 확정된다. 실무적으로 가장 빈번하게 발생하는 오류는 최대주주 그룹의 특수관계인 지분 합산 규정 누락이다. 일반 주주의 경우 본인 소유 지분만으로 대주주 여부를 판단하지만, 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계자(주주 1인 등)의 지분율 합계가 해당 법인의 주주 1인 등 중에서 최대인 ‘최대주주 그룹’에 해당하는 경우 엄격한 합산 의무가 부여된다. 이때 주주 1인을 비롯해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 명시된 친족(4촌 이내 혈족, 3촌 이내 인척, 사실혼을 포함한 배우자 등) 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 경영지배관계법인의 보유주식 합계를 기준으로 대주주 여부를 최종 판정하게 된다.
3. 양도소득세율 적용 및 국내외 주식 손익 통산 시 주의사항
주식 양도소득세율은 해당 기업의 규모와 주식 보유 기간에 따라 10%에서 최대 30%까지 차등 적용된다. 중소기업 주식을 양도할 경우 대주주 여부와 무관하게 10%의 단일 세율이 매겨진다. 반면 중소기업 외 법인의 대주주가 1년 미만의 단기 보유 주식을 양도하는 경우에는 30%의 법정 최고 세율이 적용되며, 그 외 주식 양도 건에 대해서는 과세표준 3억 원 이하 구간에 20%, 3억 원 초과 구간에 25%의 누진세율이 적된다.
특히 투자자들이 각별히 유의해야 할 지점은 국내외 주식 간의 손익 통산 시기다. 국외주식 양도는 당해 연도 5월에 실시되는 확정신고 시에만 통산이 허용된다. 따라서 2026년 상반기에 국외주식 거래로 양도소득이 발생한 납세자는 이번 8월 예정신고가 아닌 2027년 5월 확정신고 기간을 이용해야 한다. 일례로 2026년 2월 국내주식 양도로 2억 원의 차익을 실현하고, 3월 국외주식 양도로 1억 원의 차손을 기록한 납세자가 이번 8월에 이를 임의로 통산하여 1억 원의 소득만 과소 신고할 경우 페널티를 받게 된다. 이 경우 1,000만 원의 산출 세액 부족분이 발생함에 따라 100만 원(10%)의 과소신고 가산세와 경과 일수(1일 0.022%)에 비례하는 납부지연 가산세를 합산 고지받는 불이익을 겪게 된다. 정상적인 신고 구조는 8월에 국내 주식 양도분에 대한 세액을 전액 납부하고, 익년 5월 확정신고 시 손익 통산을 거쳐 초과 납부 세액을 환급받는 방식이다.
4. 증여주식 이월과세 신설 및 신고 편의성 강화
국세청은 납세자 신고 편의 제고 및 기입 오류 차단을 위해 홈택스 내 양도소득세 신고도움 서비스를 고도화하였다. 사업자등록번호, 주식종목코드 등의 주식정보와 양도일자, 양도가액 등의 내역을 미리 채워주며, 취득가액만 입력하면 양도소득금액을 자동 계산해 준다.
특히 주목할 점은 「소득세법」 제97조의2 개정안 반영이다. 2025년 1월 1일 이후 배우자 및 직계존비속으로부터 증여받은 주식 등을 1년 이내에 단기 양도하는 경우, 양도소득세 신고 시 수증 시점의 가액이 아닌 증여자의 당초 취득가액을 취득가액으로 신고해야 하며, 수증 시 납부했던 증여세는 필요경비로 산입된다.
국세청은 이러한 이월과세 제도를 납세자가 인지하지 못해 취득가액을 오기입하는 현상을 막고자, 홈택스 신고 화면에 이월과세 안내 알림창을 전면 신설하였다.
5. 세무당국 불성실 신고 적발 및 주요 추징 사례
과거 과세관청이 주식 양도소득세 신고내용확인 과정에서 적발한 주요 불성실 신고 및 부당행위 추징 사례는 자본 거래 시 법적 요건 검토의 중요성을 시사한다.
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사례 1 (특수관계인 합산 누락 무신고): 코스닥 상장법인 ㈜A의 주주 갑(甲)은 본인의 단독 보유분 지분율이 0.70%로 대주주 요건(2% 이상)에 미달한다고 자의적으로 판단하여 장내 양도 후 세금을 무신고하였다. 그러나 갑(甲)은 해당 법인 최대주주 그룹의 주주 1인과 배우자의 남매라는 친족관계에 얽혀있었으며, 특수관계인 지분율 합산 결과 총 9.90%에 달해 합산대상 대주주로 판정되었다. 이에 국세청은 주식등 거래명세서와 지분 현황을 검토하여 본세와 가산세를 전액 추징하였다.
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사례 2 (법정 최고 세율 누락): 중소기업 외 비상장법인의 대주주가 1년 미만(6개월) 단기 보유한 주식을 양도하면서, 법정 적용 세율인 30%를 누락하고 20~25%의 일반 누진세율을 잘못 적용하여 과소신고한 행위가 적발되어 누락 세액이 추징되었다.
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사례 3 (부당행위계산 부인에 따른 증여세 고지): 아들 갑(甲)이 시가 산정이 불명확한 비상장주식을 특수관계인인 어머니 을(乙)에게 주당 액면가액(5천 원)으로 저가 양도하고 증여세를 신고 누락하였다. 과세관청은 「상속세 및 증여세법 시행령」 제54조의 보충적 평가방법에 의거하여 해당 주식의 시가를 1만 원으로 재평가하였다. 이후 부당행위계산 부인(「소득세법」 제101조) 규정을 즉각 적용하여, 양도인 갑(甲)에게는 양도소득세와 증권거래세(「증권거래세법」 제7조 제1항 제2호 가목)를 부과하고, 양수인 을(乙)에게는 저가 양수에 따른 증여 이익을 포착하여 증여세(「상속세 및 증여세법」 제35조)를 고지하였다.
6. 향후 주식 양도소득세 사후 검증 추진 전망
2026년 상반기 귀속 주식 양도소득세 예정신고 대상자는 오는 8월 31일까지 전자신고(홈택스·손택스)나 관할 세무서 서면신고를 완료해야 하며, 납부 세액이 1천만 원을 넘길 경우 최대 2개월까지 분할 납부가 허용된다.
국세청은 다가오는 8월 31일 예정신고 기한이 경과한 직후부터 접수된 신고 내용을 정밀 분석하여, 불성실 신고 혐의자 및 탈루 의심 건에 대한 고강도 사후 검증에 착수할 계획이다.
향후 세무당국은 상장법인 최대주주 그룹의 특수관계인 지분 합산 누락, 부당행위계산 부인 요건에 저촉되는 특수관계인 간 비상장주식 저가 양도, 대주주 단기 양도분 고세율(30%) 미적용 등 고질적인 탈루 유형에 모니터링 역량을 집중할 전망이다.
기사 작성: [정지연] | 사진 출처: 생성형 AI 제작
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