2026년 ‘통합고용세액공제’ 대폭 개편… 상시근로자 유지 의무 완화로 중소기업 숨통
고용 인원 감소 시 추징 규정 합리화… 가업승계 증여세 저율과세 한도 확대로 원활한 경영권 승계 지원
(미래경영저널) 2026년 법인세 신고 시즌을 앞두고 기업 세무 담당자들의 움직임이 분주하다. 정부가 고용 시장의 유연성을 확보하고 기업의 세 부담을 실질적으로 경감하기 위해 주요 세액공제 제도를 개편했기 때문이다. 특히 중소기업의 최대 현안인 고용 유지 의무와 가업 승계 관련 세제 혜택이 강화되면서 경영 환경에 긍정적인 변화가 예상된다.
■ 통합고용세액공제, ‘추징 리스크’ 대폭 감소
그동안 기업들에 가장 큰 부담이었던 ‘통합고용세액공제’의 사후관리 규정이 「조세특례제한법」 개정을 통해 합리적으로 조정되었다. 이전까지는 공제를 받은 후 다음 해에 고용 인원이 1명이라도 줄어들면 공제액 전액을 반환해야 했으나, 2026년부터는 ‘감소한 인원 비례 방식’이 적용된다.
즉, 전체 공제액을 추징하는 것이 아니라 감소한 인원만큼의 혜택만 차감하여 납부하도록 변경된 것이다. 이는 경기에 따라 고용 규모가 유동적인 중소·벤처기업들이 과감하게 신규 채용에 나설 수 있는 법적 안전장치가 될 것으로 보인다.
■ 가업승계 증여세 과세특례 한도 확대
원활한 경영권 승계를 지원하기 위한 세제 혜택도 커졌다. 2026년부터는 가업승계 주식 증여세 과세특례의 저율과세(10%) 적용 구간이 기존 60억 원에서 120억 원으로 상향되었다.
법적 근거인 「상속세 및 증여세법」에 따르면, 중소기업 경영자가 자녀에게 가업을 물려줄 때 발생하는 증여세 부담이 절반 수준으로 낮아지는 효과가 있다. 다만, 승계 후 5년간 주종목 업종을 유지하고 고용 인원을 일정 수준 이상 유지해야 하는 ‘사후관리 조건’은 여전히 엄격하므로 전문가의 상시 모니터링이 필수적이다.
■ R&D 세액공제 사전심사제도 활용 권고
정부는 기술 혁신 기업을 대상으로 한 R&D 세액공제 검증을 강화하는 추세다. 이에 따라 국세청은 ‘R&D 세액공제 사전심사’를 신청하여 미리 적정성을 인정받은 기업에 대해 향후 세무조사 면제 및 가산세 면제 혜택을 부여하고 있다.
세무 전문가들은 “연구노트 작성 미비나 비연구 요원의 인건비 포함 등으로 인해 추후 막대한 세금이 추징되는 사례가 빈번하다”며 “2026년에는 신고 전 반드시 사전심사 제도를 통해 세무 리스크를 제거해야 한다”고 조언했다.
■ 법인 신용카드 포인트 및 잡수익 과세 주의
최근 국세청은 법인이 보유한 신용카드 포인트의 사용 및 현금화 과정에서 발생하는 ‘잡수익’ 누락에 대한 점검을 강화하고 있다. 소액이라 하더라도 법인세법상 수익에 해당하므로 결산 시 누락되지 않도록 꼼꼼한 회계 처리가 요구된다.
미래경영저널 취재 결과, 2026년 하반기에는 탄소중립 실천 기업에 대한 추가 세액공제 도입이 논의되고 있어, 친환경 경영을 실천하는 기업들의 세제 혜택은 더욱 늘어날 전망이다.
[세무 안내] 본 기사는 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며, 실제 세무 신고 시에는 반드시 세무사 등 전문가의 개별 자문을 거쳐야 합니다. 관련 법령은 국가법령정보센터에서 확인 가능합니다.
기사 작성: [홍승만] | 사진 출처: AI 생성 이미지
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