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재정경제부 ‘2026년 세제개편안’ 발표… 중소·벤처기업 성장 사다리 복원 및 투자 활성화 총력

– 중소기업 졸업 시 세부담 급증을 막는 점감구조 도입
– 벤처투자 대상 기업의 업력 요건 완화와 세액공제율 인상 및 양도차익 비과세 상시화 등

1. 기존 세제 운용 배경 및 추진 경과 (과거 실적 및 현황)

그동안 재정경제부는 중소기업의 성장을 지원하고 벤처투자 생태계에 자금을 유입하기 위해 다양한 조세특례 제도를 운용해 왔다. 기존 세제 체계하에서는 중소기업이 성장하여 중견기업으로 전환될 경우 세제 감면 혜택이 일시에 단절되면서 기업들이 성장을 기피하는 일명 ‘피터팬 증후군’ 현상이 지속적인 문제로 지적되어 왔다.
또한, 벤처투자 분야에서는 「조세특례제한법」에 따라 벤처투자회사 등의 주식양도차익 비과세, 내국법인의 벤처기업 출자 세액공제, 거주자의 벤처기업 주식양도차익 비과세 등의 제도를 운영해 왔으나, 대부분의 적용기한이 2028년 12월 31일 일몰 예정으로 설정되어 있어 투자자의 장기적인 자금 집행 및 투자 예측 가능성 확보에 한계가 존재했다. 아울러 세제 혜택 대상이 되는 벤처·창업기업의 업력 요건이 ‘설립 후 7년 이내’로 제한되어 있어, 초기 단계를 지나 본격적인 스케일업(Scale-up) 단계에 진입한 기업에 대한 세제지원이 미흡하다는 시장의 평가가 이어져 왔다.

2. 중소기업 성장촉진을 위한 세제지원 점감구조 도입 (미래 추진 계획)

재정경제부는 중소기업이 성장함에 따라 받는 세제 혜택의 급격한 감소 폭을 완화하여 성장 유인을 제공하기 위해 점감구조(점진적 감축) 제도를 도입할 계획이다.
해당 개정 규정은 2027년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업부터 적용된다
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  1. 중소기업특별세액감면 점감구조 신설 (조세특례제한법 제7조): 기존에는 중소기업 졸업 후 유예기간 5년(상장기업 7년)이 경과하면 감면이 즉시 종료되었으나, 개정안은 유예기간 종료 후 3년간 ‘점감구간’을 신설하여 기존 중기업 감면율의 50%를 적용한다. (예: 지방 제조업 중기업 감면율 15% 적용 기업의 경우, 유예기간 종료 후 3년간 7.5% 감면율 적용). 단, 장수성실기업 우대감면(+10%) 제도는 폐지되며 연간 한도 1억 원 기준은 유지된다.
  2. 영상·웹툰콘텐츠 제작비용 세액공제 점감구조 도입 (조세특례제한법 제25조의6, 제25조의8): 콘텐츠 제작 담당 기업이 중소기업을 졸업할 경우, 유예기간 종료 후 3년간 12.5%의 기본공제율 및 추가공제율을 적용한 뒤 중견·대기업 공제율(10%)로 이행하도록 세제를 재설계한다.

3. 벤처투자 세제지원 강화 및 자본 유입 확대 (미래 추진 계획)

재정경제부는 벤처기업의 스케일업 지원 및 지역 벤처투자 활성화를 핵심 목표로 삼아 벤처투자 관련 세제지원을 대폭 확대하고 제도를 상시화할 전망이다.
[벤처투자 세제지원 개편 주요 내용] 
• 투자대상기업 업력 요건: 설립 후 7년 이내 → 10년 이내로 확대
• 인구감소(관심)지역 직접 신규 출자 세액공제율: 5% → 7%로 상향
• 주식양도차익 비과세 적용기한: ‘28.12.31 일몰 삭제 및 ‘상시화’
  • 1. 투자대상기업 업력 요건 완화 및 과세특례 상시화 (조세특례제한법 제13조, 제14조): 벤처투자회사, 벤처기업출자유한회사, 창업기획자, 신기술사업금융업자, 기금운용법인 및 거주자가 벤처기업 등에 출자하여 취득한 주식 또는 출자지분의 양도차익과 배당소득에 대한 비과세 혜택의 대상 기업 업력 요건을 기존 ‘설립 후 7년 이내’에서 ‘설립 후 10년 이내’로 대폭 완화한다. 아울러 2028년 12월 31일까지 설정되어 있던 일몰 적용기한을 삭제하여 해당 과세특례를 상시화한다. 이는 2027년 1월 1일 이후 주식을 취득하거나 출자하는 분부터 적용된다.
  • 2. 내국법인의 벤처기업 등 출자 과세특례 확대 (조세특례제한법 제13조의2): 내국법인이 벤처기업 등에 신규 출자 시 취득가액의 5%를 법인세에서 세액공제해 주던 제도 역시 투자대상기업의 업력 요건을 설립 후 7년 이내에서 10년 이내로 완화한다. 특히 지역 벤처투자 활성화를 위해 수도권 인구감소관심지역을 제외한 인구감소지역 및 비수도권 인구감소관심지역 소재 벤처기업 등에 직접 신규 출자하는 경우 공제율을 기존 5%에서 7%로 상향 조정한다.
  • 3. 기업성장집합투자기구(BDC) 과세특례 신설 (조세특례제한법 제91조의30): 펀드자산의 60% 이상을 벤처·혁신 기업에 투자하는 상장 공모펀드인 기업성장집합투자기구(BDC) 전용계좌를 통해 투자한 거주자에 대해 배당소득에 대한 9% 분리과세 혜택을 신설한다 (납입한도 1억 원, 적용기한 2029년 12월 31일까지).
  • 4. 생산적 영역 대출 대손충당금 손금 한도 확대 (법인세법 시행령 제61조): 은행 및 금융회사가 창업·벤처·신기술기업 대출 등 생산적 영역에 제공한 자금에 대해 대손충당금 손금인정 한도를 기존 ‘금융감독규정상 적립률’에서 ‘금융감독규정상 적립률 × 120%’로 확대 적용하여 금융권의 벤처 자금 공급을 유도한다.

기사 작성: [홍승만] | 사진 출처: 생성형 AI 제작

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